تنفیذ حکم رئیس جمهور به وسیله ولى فقیه، از اختیارات او در قانون اساسى است و به هیچ وجه جنبه تشریفاتى و صورى ندارد؛ یعنى، به لحاظ قانون، تا زمانى که ولى فقیه حکم او را تنفیذ نکند، شخصِ منتخب، ریاستى بر قوه مجریه ندارد. تعبیر «تنفیذ» و نیز آنچه حضرت امام (ره) در تنفیذ ریاست جمهورى فرمودند (این تنفیذ تا زمانى است که عمل بر طبق موازین اسلام باشد)، نشان مى دهد که امضاى ولى فقیه به نتیجه انتخابات مشروعیت الهی مى بخشد .
چنانکه حضرت امام (ره) در همه تنفیذهای ریاست جمهوری مساله نصب الهی رهبر و لزوم تامین مشروعیت الهی تمامی بخش های نظام را مطرح فرموده اند. ایشان در تنفیذ حکم ریاست جمهوری اول، می نویسند: «بر اساس آنکه مشروعیت آن (ریاست جمهوری) باید به نصب فقیه جامع الشرایط باشد، این جانب به موجب این حکم رای ملت را تنفیذ، و ایشان را به این سمت منصوب نمودم.»(صحیفه نور، ج 11 ، ص 260)
و ثانیاً نقش کنترل کننده تا پایان دوران ریاست جمهورى دارد و در صورت انحراف رئیس جمهور از اصل تعیین شده، او را فاقد اعتبار و مشروعیت مى کند. بر این اساس عزل نهایی رئیس جمهور توسط رهبری ، نتیجه منطقی امضای حکم ریاست جمهوری است که پس از رأی به عدم کفایت سیاسی رئیس جمهور از سوی مجلس و یا حکم به تخلف قضائی او از سوی قوه قضائیه صورت می پذیرد . (لوح فشرده پرسمان، اداره مشاوره نهاد رهبری، کد: 5/100116643)
