تنفیذ حکم رئیس جمهور به وسیله ولى‏ فقیه، از اختیارات او در قانون اساسى است و به هیچ وجه جنبه تشریفاتى و صورى ندارد؛ یعنى، به لحاظ قانون، تا زمانى که ولى‏ فقیه حکم او را تنفیذ نکند، شخصِ منتخب، ریاستى بر قوه مجریه ندارد. تعبیر «تنفیذ» و نیز آنچه حضرت امام (ره) در تنفیذ ریاست جمهورى فرمودند (این تنفیذ تا زمانى است که عمل بر طبق موازین اسلام باشد)، نشان مى‏ دهد که امضاى ولى‏ فقیه به نتیجه انتخابات مشروعیت الهی مى ‏بخشد .
چنانکه حضرت امام (ره) در همه تنفیذهای ریاست جمهوری مساله نصب الهی رهبر و لزوم تامین مشروعیت الهی تمامی بخش های نظام را مطرح فرموده اند. ایشان در تنفیذ حکم ریاست جمهوری اول، می نویسند: «بر اساس آنکه مشروعیت آن (ریاست جمهوری) باید به نصب فقیه جامع الشرایط باشد، این جانب به موجب این حکم رای ملت را تنفیذ، و ایشان را به این سمت منصوب نمودم.»(صحیفه نور، ج 11 ، ص 260)
و ثانیاً نقش کنترل‏ کننده تا پایان دوران ریاست جمهورى دارد و در صورت انحراف رئیس جمهور از اصل تعیین شده، او را فاقد اعتبار و مشروعیت مى‏  کند. بر این اساس عزل نهایی رئیس جمهور توسط رهبری ، نتیجه منطقی امضای حکم ریاست جمهوری است که پس از رأی به عدم کفایت سیاسی رئیس جمهور از سوی مجلس و یا حکم به تخلف قضائی او از سوی قوه قضائیه صورت می پذیرد . (لوح فشرده پرسمان، اداره مشاوره نهاد رهبری، کد: 5/100116643)